いくつかの問題で、問題を解いたのに網羅度にチェックがつかない箇所があります。
網羅度の表からクリックして問題を解いて更新してもダメでした。

ご報告ありがとうございます。

過去問道場では、回答の前に解説を表示した問題や、回答せずに次の問題に遷移した問題については未回答の扱いにしています。あくまで可能性の話ですが、もし連続して解いた中で解答歴がない問が存在するのであれば、そのような操作があったのかもしれません。

>網羅度の表からクリックして問題を解いて更新してもダメでした。

網羅度の表は、単なる（過去問道場サービス外の）過去問ページへのリンクであるため表から遷移した先で問題を解いても学習履歴には記録されません。もし特定の問題のみを指定して解きたいということであれば、チェック機能が利用できます。学習履歴の「チェック状態を確認する」の編集機能を用いて、出題させたい問題に任意の色でチェックを入れ、チェックした色の復習機能でその問題を出題させられます。