転職に有利な資格を取得するために、基本情報の勉強をしています。
応用情報の難易度が低いようですが、基本情報をとばして応用情報を取得するのはやめたほうがいいですか？

判断できないくらいなら、やめておいた方が無難かと
よく言われる「応用情報の難易度が低い」という話は、基本情報の午前レベルは楽勝の知識はあるのに午後のアルゴリズムとプログラム言語が苦手で合格に届かない人とっては、アルゴリズム必須でない応用情報の午後の方が易しく感じることもある、という話なので
アルゴリズムが超苦手で、長文読解や記述問題が人一倍得意、というのであれば、いきなり応用にチャレンジしてしてみるのもありかもしれません
ただ試験範囲や難度自体は、一応、応用情報の方が広くて難しいです

そうなんですね
基本情報を飛ばして応用情報をとっても、基礎の理解度が不明瞭で価値が低いという意見も聞いたのですがどう思われますか？

マネジメントやストラテジの知識があるのなら○だと思います。
情報関連の知識で勝負するなら、基本をスキップするのは無理ではないかと。
具体的にはPMP、PMSあたりを取得済みなら応用の方が得策だと思います。
（応用をスキップして情報の高度資格を取得済みはあり得ないでしょうから）

午前の難易度は応用情報が上。ただし過去問を覚えれば対応できる。
問題は午後だけど、IT系へ転職を目指す人にとって、情報処理技術者試験全般で最難関の分野がプログラム言語とアルゴリズム。これらだけは実際に自分でプログラムを組んで練習しないと太刀打ちできないが、基本情報における重点分野だからどちらも必須で４０点分も占めている。
応用情報が基本情報より簡単と言われるのは、必須が情報セキュリティだけで、残りの10問から4問を好きに選べば良いため(マネジメント、ストラテジのみの選択も可能)。あと少し応用情報の裏話だけど、午後で11問もあれば全ての問題を難しく作ることは容易ではないから、本番でまずはざっと問題を流し読みして簡単そうな大問を見つけて解いちゃうとよい。

長くなってしまったけど、応用情報を警戒する必要は全然ないし、俺も元々非IT系で応用情報から取った(基本情報はその後SEの友達からプログラミング習って取れたが、その友達も実際に仕事でコード書いたことのない人には無理と言っていた)。
プログラムに自信ある人→先に基本情報から受ける
プログラムに自信ない人→応用情報を受ける  って感じ。