設問3の動的コンパイル時方式におけるコンパイル時間を求める際に、400命令を計算に用いていますが、動的コンパイラで実行形式に変換するのは300命令で、コンパイルも300命令分(0.03秒)行うのではないのでしょうか？

呼び出し回数の400と、命令数の400を混同しているのでは。

400回呼び出すけれど、そのうち101回目以降の300回分については、コンパイル済みバージョンのほうを実行する。

コンパイルしなければならない中間コード自体は400命令あるので、400命令をコンパイルします。
何回使う予定かとは関係なく、全体を1回だけコンパイル。