本試験では問題数30問かと存じますが、貴社サイトの過去問をみると、45問であったり、54問であったりします。

本試験と異なるようで取り組みづらいのですが、どのような仕組みになっているのでしょうか？

運行管理者(貨物)は取り扱っていませんので、そのサイトは別のどなたかが管理しているものだと思います。大変お手数ですが、そのサイトの管理者の方へお問い合わせくださいませ。