午後試験がもうすぐあるのですが、CBT形式になったことで問題文に直接書き込みが出来なくなりました。
私は問題文にかなり書き込むタイプだったので、CBT方式はとても苦手です。

書き込めない以上、CBT方式ではメモの仕方が重要だと思うのですが、皆さんはどのようにメモを活用されていますか？
特にアルゴリズムや言語（私はJavaです）について知りたいです。

私はトレースはもちろんメモ用紙に書いていますが、プログラムの説明にある図が複雑でない限りは、メモ用紙に書き写しています。
これはページのスクロールが面倒で内容が覚えきれないこと、本番ではページが切り替わるとマークしていた箇所が消えてしまうことを聞いたのが大きな理由です。

一応下記に私が受験する際の大問を掲載しておきます。それぞれポイントなどあれば教えていただきたいです。
?情報セキュリティ
?ソフトウェア設計（データベース）
?マネジメント、ストラテジ
?アルゴリズム
?Java

私も同じようなことに悩みながら1月に受験しましたが、
最終的にはごじおきさんと同じように対応しましたよ。

まず過去問演習の段階でPC画面+A4メモ用紙のみで解答する練習をし、
その際下記のような図表は(面倒でも)まずA4用紙に丸写ししてから
解答するようにしていました。
・各種ハードウェア図解
・ネットワーク構成図や設定表
・データベースの各テーブル項目と連携関係
・ソフトウェアのER図やデータパス/処理フロー
・プログラム間の引数/戻り値の関係
・プログラムのトレース  …等

頭の中だけで考えて解ける人がうらやましかったですが、
私の場合それで分からなかった場合パニックになる方が恐かったので。笑

筆記試験であればあらかじめ問題用紙に書いてあるためその点では"損"ですが、
一方でマークを塗りつぶす時間やマークミスのリスクが少ない意味では"得"だとも思います。

以上ご参考くださいませ。
合格をお祈りしています。

CBT試験では、ハイライト機能や後で確認する機能等があります。
それらを活用してみてはいかがでしょうか？

個人的にはハイライトや後で確認は本番では全く使いませんでした、というより使えませんでした。
というのも、ハイライトする程の文章量でもないですし、文字や記号が書き込めなければ無意味だと思っているからです。

メモ用紙は何枚でも貰えますし、意外と試験時間も余りました(他が不得意でなければアルゴリズムに1時間かけても大丈夫そうです)。
room710さんの仰るように、丁寧すぎるくらい丁寧にメモ用紙を活用する練習をされてみてはいかがかなと思います。

私はメモをほとんど使いませんでした。
メモを使わずに解くのを試してみては？
以外に無駄な作業が見つかるかもしれませんよ。

皆さまアドバイスありがとうございました！
結局分かりにくいところはそのまま書き写す作戦にしました。

先程受けてきましたが、結果は速報値で66.4％と
まぁ合格なのでは！といった感じでした。
皆様のアドバイスを聞いて良かったです！
ありがとうございました。

私はハイライトを使った者ですが、メモはアルゴリズムの時に変数をメモしただけで残りはハイライトを使いました。
つまり、必要箇所のみメモしていくやり方です。

選択言語はJavaにしましたが分岐や変数の処理をメモしたくらいで、比較的ゆっくりと解けたと思います。
時間が余ったのでC言語や表計算も少し眺めましたが、上記と同じ解き方で問題ないと思います。