2つ目の圧縮の値が$LDになってますが$EDじゃないですか？
13文字目のAと8文字目のAを検索してFとEで合わなくなり、その後処理をして
Maxdistance 5(E)
になります。
検索は続き、Gから下って調べて1文字目のAで一致して再び検索します。
またFとEで合わなくなり
/* 文字数が4以上、かつ、最も多いかどうかを調べる */
のプログラムに行きますが、条件を満たさずMaxdistance5(E)のままなので
$EDだと思います。

そうですね、Fitnumが同じ場合、
Distanceが小さいほうが優先されますので、
$LDではなく$EDになるかと思います。