4月に基本情報の科目Bの試験を受けました（午前は免除）が550点で不合格でした。
サンプル問題やパーフェクトラーニングなどを使って勉強したのですが駄目でした。
ネットで紙の上での勉強だけではなく、javaなどのプログラムを実際に動かして確認すると理解が深まりますと書いてあったのでスッキリわかるjavaを買ったのですが、
具体的にはどのように始めればいいですか？
プログラム未経験なので実際に動かせるようになるまで一年くらいかかりそうです。

どのように始めればいいか、というのはJavaの環境構築のことでしょうか？そうであればその本にどのように書いてあるかは知りませんが、eclipseという統合開発環境を使うのが一般的です。

勉強方法の話ならば、サンプルコードの値を仮説を立てて変更してみて自分の考えとズレていないかを確認するのが簡単だと思います。慣れてきたらゼロから何も見ずにサンプルコードを書く練習をすると良いと思います。

スッキリわかるjava一冊完璧にすればプログラム動かせるようになりますか？

スッキリわかるJava入門という本で合っていますかね？サンプルを見た限りですけど、プログラムはかけるようになると思いますよ。ただ科目Bにはプログラムを書けることも大事ですがアルゴリズムを理解することはもっと大切です。文脈から判断してアルゴリズムを勉強をする本は持っていると思うので、アルゴリズムの本に載っているアルゴリズムをスッキリわかるJavaを参考にプログラムを書くというような勉強方法になるかと思います。