マクロGenerateListの18行目に「相対(H1, minID, 0) ← 1」とあるのですが、
どうしてdの答えとなる「minID ← 照合一致(最小(I2～I5001), I2～I5001, 0)」で
マーキングが1である行を除外できるのでしょうか？

マクロの11～13行目でH2～H5001に0が設定され、同時にI2～I5001の1桁目に0が設定されます。その後、17行目の
minID ← 照合一致(最小(I2～I5001), I2～I5001, 0)
で、minIDにI2～I5001の最小値の相対行番号(1～5000)が設定されます。その後、18行目の
相対(H1, minID, 0) ← 1
で、H2～H5001の相対minID行目に1が設定され、同時にI2～I5001の相対minID行目の1桁目に1が設定されます。

このように、最小値が選ばれるごとにその行のI列の1桁目に1が設定されることにより、選ばれたI列(1xxxxxxx)は選ばれていないI列(0xxxxxxx)よりも必ず大きくなり、結果として、選ばれたI列は最小(I2～I5001)により2度と選ばれないようにしています。