お疲れ様です。  

平成29年の秋のjavaの問題です。

設問2が分からなかったです。比べる列は  二次元配列の二列目なので 3,000 とか  1,000  
とかなのですが、  orderBy はふたつとも  falseが入ってくるので  昇順かとおもっていたため

apple 2 300 かと・・・・。

どなたかよろしくお願い致します。

昇順であっています。
Comparatorが"lex"で格納されているものを使用するので、文字列を文字列として比較することになります。
"1,000"と"300"では"1"と"3"を比較するので"1,000"が先となります。

sorter.sort(data, new TableSorter.OrderBy("num", 2),
 new TableSorter.OrderBy("lex", 0));
であれば、じゃばさんが想定してる結果になると思います。