[負の数の場合]の解説の中で、
これらの負数を4で割ると余りは「3」または「－1」になります。とあります。
しかし、末尾2ビットが"01"になるのって、解説にもあるように5,9,21,49ですが、これを4でいくら割っても余りが3になることって無いのではないでしょうか？

そこで推察したのは以下の考えです。
解説は正と負がごっちゃになってしまっており、正しくは、
「3」になるのは正の数の場合の時
負の数の場合は-1だけである。

いう理解でいいでしょうか。

「負数を4で割ると余りは「3」または「－1」になります。」は、以下の2パターンのことです。

①－5÷4  －2余り3
②－5÷4  －1余り－1

つまり、負数の除算で、余りを正数とするか、負数とするかの2パターンがありますが、この問題では、「除算の商は，絶対値の小数点以下を切り捨てるものとする。」により、余りが負数のパターンです。

助け人さん、ありがとうございました。
えー！そういう事だったんですか！？
…全然考えがそこまで至りませんでした。

問題文を完璧に理解することが、一番大変だなぁと感じます。
まだまだ勉強が足りていませんでした。
ありがとうございました。

ついでに言うと、除数が負数の場合も理解しておく必要があります。

①5÷(－4)  －1余り1
②5÷(－4)  －2余り－3

③－5÷(－4)  1余り－1
④－5÷(－4)  2余り3

ここまで考えると、以下の疑問が出ます。
⑤5÷4  2余り－3
とすることもあるのか？

もしかしたら、①～⑤のうち、どれかは考えてはならないのかもしれませんが、もし、この問題のように、「除算の商は，絶対値の小数点以下を切り捨てるものとする。」という前提があれば、①は○、②は×、③は○、④は×、⑤は×です。