午後の選択問題が変わり、

問2-4は4問から3問選択、問5は1問選択で、この問2-5から2問を選択する

ように変更になりました。つまり事前に3問分だけ勉強していると本番でなかった場合不合格になるかもしれないってことですよね

この場合どのように勉強するべきなのでしょうか？過去問の選択を全分野勉強しますか？それとも問2-4のうち3分野を勉強するのが一番効率的ですかね？（自分は問5が得意なので迷っています。）

効率はセキュ、アルゴ、言語をある程度完成させてからでないと考えようがないと思います。
これらで正答率が高ければそれ以外何もしなくていいパターンもありますし。

自分は、必須問題の過去問を多めに解きました。
選択問題は自分が苦手な分野は勉強しないようにしました。
（全分野を勉強するのが理想ですが、基本情報技術者に効率的に合格したかったため）