17年  秋  の午後問題であるソフトウェア設計でありますが、

設問1のb   が    S2ファイル    である理由が分かりませんでした。

まず、S2ファイルは職務変更ファイルの許可フラグが1のものを社員コードの昇順に整列したファイル

S4ファイルは社員表からレコードを抽出したものと認識してます。

ですがそれらを突き合わせて S2ファイルにはなくS4ファイルにはある社員コードのレコードって
社員表の職務を変更していない社員が抽出されるため昇格者も抽出されるのではないでしょうか？

よろしくお願い致します。

記載としては確かに昇格対象の方も抽出はされるかと思われます。
ですが突合せをするうえでS2とS4に必要な情報が記載されていて、かつ双方ともに社員コードの昇順でソートされていますので、答えは「ウ：S2」が最適なのも間違いはありません。

ここでりくさんが気になっているであろう処理ですが、その後の更新処理の順番を見てみると、
階級更新→職務コード更新→昇格処理
と続くので、昇格者に関してはたとえ昇給処理を行った後でも後ろの昇格処理で改めて変更されなおすので問題なしという流れになります。

選択肢はイでしたね。ごめんなさい