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平成28年 秋 午前 問３４ マジで不明[1324]
というスレがありましたが2ヶ月以上経過しており書き込めないのでここへ。

私も最初はよくわからずモヤモヤしたんですが
（特に最初のPC→NTPサーバの伝送が100マイクロ秒のところ）
それぞれの設定時間を考えたら納得いきました。

結論から言うとこの状態。
PC =16:04.000500  ←200マイクロ秒速い
NTP=16:04.000700  ←正しい

これを見抜いて解答せよというのがこの問題の趣旨ですね。

PCくん(自分の腕時計を見て)「4.000100に送信したよ！」
  （しかし彼の腕時計は狂っており200マイクロ秒進んでいたので
    実際に送信されたのは3.999900でした）

NTPサーバ「4.000200に受信し、4.000400に返信しました」

PCくん「4.000900に受信したよ！」
（彼の腕時計の表示は4.000900でしたが、正しい時刻は4.000700なのでした）

…こんな感じですね。

解法自体は理詰めで、解説されている通りです。